La Comisión de Arbitraje y Garantías Democráticas resuelve en primera instancia las reclamaciones que se realicen en relación a sanciones impuestas o vulneración de derechos. Está integrada por un número par de miembros, no superior a ocho, elegidos por los 3/5 de los delegados/as de la Asamblea Andaluza. Son incompatibles como miembros de esta Comisión los miembros de cualquier órgano de dirección, cualquier cargo público, personal de confianza o personas que dependan laboralmente de la organización.